Mit der Schaffung eines Pfarrvikariats war ab 1983 ein Pfarrer z.A. (zur Anstellung) als zweiter Pfarrer des Pfarramts Ermreuth für Neunkirchen am Brand zuständig. 1994 wurde die aufgrund des anhaltenden starken Zuzugs evangelischer Christen auf über 1.500 Mitglieder angewachsene Gemeinde als selbständige Kirchengemeinde eingerichtet. Neben den Neunkirchener Ortsteilen Baad, Ebersbach, Großenbuch, Wellucken gehört auch das Gebiet der politischen Gemeinde Hetzles mit Ortsteil Honings zur neu gegründeten Kirchengemeinde Neunkirchen am Brand. Im gleichen Jahr wurde der erste Kirchenvorstand gewählt, im Jahr darauf wurde die z.A.-Stelle in die Pfarrstelle Neunkirchen am Brand umgewandelt.
Ebenfalls 1995 übernahm die evangelische Kirchengemeinde die Betriebsträgerschaft des neu gebauten zweiten Kindergartens im Hauptort Neunkirchen. Im April 2007 kam ein Hort hinzu, im September 2009 eine Kinderkrippe, die beide in der Trägerschaft eines kirchengemeindlichen Diakonievereins betrieben werden. Heute hat die Kirchengemeinde gut 1.900 Mitglieder. Der Zuzug von jungen Familien hält noch immer an, so dass mit weiterem Wachsen der Gemeinde zu rechnen ist.
Der Markt Neunkirchen am Brand ist aufgrund des zu Anfang des 14. Jahrhunderts gegründeten Augustiner- Chorherrenstifts (Auflösung des Konvents 1555) als Teil des Bistums Bamberg katholisch geprägt. Erst nach dem zweiten Weltkrieg siedelten sich vermehrt evangelische Christen in Neunkirchen an. Der erste evangelische Gottesdienst fand am 3. November 1946 in einem Abstellraum des Rathauses mangels Sitzgelegenheit im Stehen statt. Bis Februar 1976 wurden die evangelischen Neunkirchner von den Pfarrern der Kirchengemeinde Uttenreuth mitbetreut. Als Gottesdienstraum dienten verschiedene Räumlichkeiten: Rathaus, Schule und katholische Kapellen. Bei einer Gemeindeversammlung 1975 beschlossen die Anwesenden, dass die inzwischen etwa 600 evangelischen Christen ab März 1976 zur Kirchengemeinde Ermreuth wechseln. Die politische Gemeinde Ermreuth war 1972 nach Neunkirchen eingemeindet worden. Jetzt kam Bewegung in die Kirchengemeinde. Der erste Schritt war der Bau des Gemeindehauses 1977/78. Bis Dezember 2000 feierte die wachsende Gemeinde dort ihre Gottesdienste.